Po raz pierwszy w dokumentach pojawia się w 1419 roku jako młyn z niezależnym siedliskiem, lokowany według prawa magdeburskiego. Następnie podupadł i dopiero w 1738 roku ówczesny właściciel podjął kroki by przywrócić siedlisku jego dawne funkcje.
Kolejne prace i inwestycje modernizacyjne poczynili: Gottfried Schneider (od 1833 r), następnie Karl Bod, potem bracia Otto i August Műllerowie – kolejni właściciele. Wówczas zbudowano śluzę i staw, obmurowane kanały doprowadzające wodę. Stojący do dzisiaj budynek młyna powstał w końcu XIX, podobnie jak dom właściciela (Borowy Młyn nr 3). Obok znajdują się zabudowania pracowników – nr 4 z końca XIX wieku i nr 7 z lat 20-tych XX wieku.
Dzisiejsza wieś Borowy Młyn obejmuje kilka miejscowości występujących wcześniej jako niezależne osady. Weszły one w skład tej miejscowości w ciągu XIX wieku: część północna to dawna osada Ziegelscheune.
Część środkowa – Hammerkrug, dopiero w połowie XIX wieku weszła w skład Borowego Młyna i na początku XX wieku składała się z 15 domostw. Tu znajdować się miała odlewnia kul działowych w latach 1579 – 81, w czasach wojen prowadzonych przez Batorego z Moskwą. Następnie miejsce to dawny majątek Jesuiterhof –nadany jezuitom w XVII wieku przez starostę sztumskiego Jana Krasińskiego. Po I rozbiorze Polski nie należał już do Kościoła, na początku XX wieku był w rękach rodziny Krzemińskich. Majątek nie zachował się, pozostałością po nim jest aleja lipowa prowadząca do szosy Ryjewo – Sztumska Wieś.
Dawny Schinkenland to zachodnia część Borowego Młyna, w 1735 roku wydzierżawiona przez starościnę sztumską Teklę Bielińską trzem mennonitom. Nazwa pochodzi najpewniej od istniejącego tu wcześniej szynku. Dopiero w XIX wieku włączona do Borowego Młyna, wcześniej uważano ją za część osady Schweingrube składającej się na dzisiejsze Barcice.